Amikor megszületünk, bélrendszerünk még steril, azaz baktérium nem található benne, s csak később alakul ki a bélflóra, mely a bélnyálkahártyán helyet foglaló baktériumok és egyéb mikroorganizmusokból áll. Ez utóbbiak összetétele és funkciója az emésztőtraktus különböző területein más és más. Életünk kezdetén a szoptatás révén, a különböző tárgyak szájba vételével, illetve a belégzések során erősödik, épül a bélflóránk. Ám nemcsak jótékony bélbaktériumok telepedhetnek meg az emésztőtraktusban, hanem a kóros, káros bélbaktériumok is. Ezekkel szemben védelmet nyújt a bélflóra, illetve a kóros szaporodásukat gátolni tudja. Számos toxin, allergén felszívódását akadályozza, a szervezetbe behatoló kórokozók elleni küzdelemben hatalmas szerepe van.
Ezek a jótékony mikroorganizmusok az anyagcsere-folyamatokban kapnak szerepet, hiszen a bélhámsejtek működését serkentik, a meg nem emésztett és az emészthetetlen szénhidrátok lebontásában is közreműködnek, és több ásványi anyag felszívódását (kalcium, magnézium, vas) segítik. Termelnek vitaminokat a szervezet számára (B-vitaminok, K-vitamin), illetve még több olyan anyagot is, melyek védelmi funkciót látnak el a szervezetben.
